設立分支機構的注冊手續完成后，需要向行政機關進行必要的申報或備案。
1、稅務署
（1）法人設立申報表（子公司形態）：公司設立之日起 2 個月以內。
（2）外國普通法人申報表（分支機構形態）：成為外國普通法人之日起 2 個月以內。
（3）薪金支付事務所等的開設申報表：事務所開設后 1 個月以內。
（4）藍色申報批準申請表：設立后滿 3 個月之日或法人設立后的首個會計年度結束日，兩者中較早的日期的前一天為止。
其他稅務申報根據法人的情況而不同。
1、都道府縣或市鎮村的稅務擔當部門
法人設立申報表：需要向繳納地方稅的都道府縣和市鎮村分別提交法人設立申報表。文件形式因都道府縣或市鎮村而異，需通過網站等加以確認。
3、勞動基準監督署
（1）適用業務報告：屬于勞動基準法的適用業務時（存在雇員時）提交（不得延誤）。
（2）勞動保險：保險關系成立及概算保險費申報表。只要有一名雇員，即適用勞動保險，需進行申報（自錄用之日起 10 天以內），并支付保險費（50 天以內）。
（3）有關加班和假期工作的協定：需要雇員在法定工作時間外（一天超過 8 小時或一周超過 40 小時）或在法定休息日（每周 1 天）工作的工作場所提交（事先）。
（4）工作守則：平時雇員人數 10 名以上的雇主必須制定工作守則，并備案（不得延誤）。
此處“員工”包括董事長等法人代表。
4、公共職業安定所
失業保險適用企業設立備案（含失業保險被保險人資格取得申報），首次錄用雇員時提交（錄用后 10 天以內）。
5、社會保險事務所
健康保險、養老保險新增適用申報：法人等社會保險適用企業首次錄用員工時（錄用后 5 天以內）。
健康保險、養老保險被保險人資格取得申報：錄用員工時（5 天以內）。
健康保險被撫養人（調動）申報：健康保險的被保險人（員工）有被撫養人時（5 天以內）。
國民養老金第 3 號被保險人資格取得申報：被保險人（員工）配偶為被扶養人時（5 天以內）。
此處“員工”包括董事長等法人代表。
經營日本公司要處理的事項并不止上述所羅列的，還有更多如年審、做賬、報稅等，這些業務都是保障日本公司正常運作的，至于如何把握住潛在的商機就要看企業如何規劃經營了。
