1964年5月至1967年6月在瑞士日內瓦舉行的第六輪談判是當時美國總統肯尼迪根據1962年通過的美國《貿易拓展法》提議召開的，又稱“肯尼迪回合”。1964年5月起，美國開始與共同體六國以及總協定其他成員進行削減關稅談判。美國提出有關國家各減關稅50％的建議，而西歐國家認為如各減關稅50％，美國關稅仍高于西歐國家，因此提出“削平”方案，即高關稅國家多減，低關稅國家少減，以縮小雙方的關稅差距。這輪談判歷時三年多，1967年7月才勉強達成協議，商定從1968年起的五年內，美國工業品關稅平均降低37％，而西歐各國則平均削減35％，涉及關稅減讓商品項目合計達60000項之多，平均降低關稅35%。

    這輪談判是1973年以前關稅與貿易總協定所主持的所有談判中最廣泛、最復雜的一次，共有占世界貿易額約75％的54個國家參加。談判第一次涉及了非關稅壁壘，關稅與貿易總協定第六條雖然規定了反傾銷和反補貼稅的定義、征收這兩類稅種的要件和幅度，但各國為保護本國產業，濫用總協定第六條的情況時有發生。這輪談判制定了第一個反傾銷協議，即總協定第六條的實施細則。美國、英國、日本等21個國家簽署了該協議，反傾銷協議于1968年7月1日生效。

    締約方數量的增加是這一時期關稅與貿易總協定一個顯著變化。60年代至70年代，相繼獨立的發展中國家加入了關稅與貿易總協定。1965年2月，就在“肯尼迪回合”的談判進程中，關稅與貿易總協定新增了一個重要的部分。即第四部分“貿易與發展”，清晰地闡明了有關發展中國家指導本國貿易政策的總目標。這一回合還開創了讓波蘭作為一個“中央計劃經濟國家”參加關稅與貿易總協定多邊貿易談判的先例。